建邺区称源于南京古地名。晋太康二年(公元281年)，秣陵县被一分为二，秦淮河以南称秣陵，以北置建业，次年改称建邺。

　　建兴元年(公元313年)，为避晋愍帝司马邺讳，改建邺为建康。

　　1933年南京开始设置区级建制，为第五区。

　　1950年6月改为第四区。

　　1955年8月定名建邺区。

　　1967年3月改称红卫区。

　　1973年12月恢复为建邺区。

　　1995年4月11日，雨花台区江东镇所辖的河南、所街、兴隆、向阳、东林5个行政村和仁东桥、棉花堤、螺丝桥3个居委会，以及原茶亭行政村，划归建邺区管辖，并组建新的街道办事处;4月24日，市政府在区划调整办公室举行交接签字仪式。4月27日，在南湖新村西南，东至南河，南至雨花台区青石村、红旗村，西至棉花堤夹江，北至鼓楼区江东村的范围内成立兴隆街道办事处。新成立的兴隆街道办事处，辖安国、安泰、安民、安康、螺丝桥、仁东桥、棉花堤7个居委会和河南、所街、兴隆、向阳、东林5个村委会，安如、安意两个居民区，面积8.24平方千米。人口9927户、34268人;5月18日正式挂牌。对河西划入地区其它部分:茶亭东街中心线以南，白鹭村以东，集庆路西延中心线以北，划归南湖街道管理;北圩路以西，茶亭东街中心线以北，原茶亭村与江东村河界中心线以东，凤凰西街以南地域划归莫愁湖街道管理。10月16日将"爱达花园公寓"小区从雨花台区划归建邺区兴隆街道办事处管辖。

　　2000年，建邺区辖6个街道。根据第五次人口普查数据:全区总人口358966人，其中:莫愁湖街道 71167人、朝天宫街道 46565人、安品街街道 31458人、止马营街道 37648人、南湖街道 79239人、兴隆街道 92889人。

　　2002年，雨花台区沙洲、双闸街道办事处和江心洲镇划归建邺区管辖;建邺区朝天宫、止马营街道办事处划归白下区管辖;建邺区汉中门大街及其西延至长江段以北部分划归鼓楼区江东街道办事处管辖;鼓楼区汉中门大街及其西延至长江段以南部分划归建邺区兴隆街道办事处管辖。撤销江心洲镇设立江心洲街道办事处(2003年正式挂牌成立)。

　　截至2009年底，建邺区辖7个街道:南湖街道、滨湖街道、兴隆街道、南苑街道、双闸街道、沙洲街道、江心洲街道，区政府驻沙洲街道(南京市江东中路269号)。